Bakkeveen ligt te midden van een bosrijk gebied met heide- en zandvlakten dat is gelegen op de grens met Groningen en Drenthe. Er wordt wel gezegd dat Bakkeveen het enige brinkdorp in Friesland is, hoewel het niet duidelijk is of deze brink dezelfde oorsprong heeft als die van dorpen in Drenthe.
Bakkeveen ligt in het oostelijk stroomgebied van het riviertje Koningsdiep (stroomafwaarts De Boarn) dat ten noordoosten van Bakkeveen ontspringt. Het beekdal van het Koningsdiep wordt opnieuw ingericht waarbij de beek zijn oorspronkelijke kronkelende loop zal terugkrijgen.
Daarnaast zijn er in de nabije omgeving de Bakkeveense Duinen, een heide- en bosgebied dat ontstaan en onaangeroerd is na de veenontginning in de 19e eeuw, en dat een voorbeeld is van hoe heel zuidoost Friesland er twee eeuwen geleden uitzag.
